Se la seconda stagione di Gomorra ci ha raccontato la costruzione, il dominio e la crisi del Sistema degli Scissionisti. Chi è sopravvissuto alle faide si troverà a gestire, in questi nuovi episodi, le ferite che quelle guerre hanno provocato. La narrazione riprende dalla morte di Don Pietro, qualcuno deve occupare il suo posto nel più breve tempo possibile, prima che la notizia del suo omicidio si diffonda e Napoli Nord torni ad essere una polveriera. Ciro è costretto a fuggire, lo cercano tutti, sanno che è stato lui a premere il grilletto. Se anche volesse combattere non ne avrebbe la forza: dopo aver provato a diventare il re di Scampia, mettendosi a capo degli Scissionisti, è ha seppellito sua figlia, vittima della sua stessa ambizione, e Secondigliano è diventato ormai il luogo dei suoi fantasmi. Intanto Genny, anche se in vantaggio su Ciro per diritto di nascita, deve capire come far coesistere la gestione dell'eredità di Napoli Nord con la sua nuova vita nella capitale. Genny lo sa: il potere di un Savastano riposa sempre e solo sul pieno possesso di Secondigliano, che però non è più quella di prima. Dopo anni di guerre, infatti, le piazze di spaccio sono costantemente presidiate dalle forze dell'ordine e non rendono più come un tempo: se i boss di Napoli Nord vogliono sopravvivere devono cercare nuovi sbocchi. Per questo Genny comincia a guardare con interesse al centro di Napoli, sebbene tutto sia già controllato da una confederazione di famiglie storiche che non ha nessuna intenzione di perdere terreno. Ciò che serve a Genny è un cavallo di Troia per entrare nel centro e lo trova in Enzo Villa, il giovane erede di una delle famiglie fondatrici della Camorra, esclusa dal potere quando il capoclan è diventato uno dei primi pentiti. Enzo fa parte di un gruppo completamente fuori dalle logiche dei clan tradizionali, giovani che, come lui, non vedono l'ora di rivendicare quello che credono gli spetti di diritto. Questi ragazzi con le barbe lunghe e i tatuaggi riconoscono negli uomini di Secondigliano gli alleati che possono aiutarli a perseguire i loro obiettivi. Decidono così di seguirli in una guerra contro i clan Confederati diventando di fatto il loro esercito. Inizia uno scontro all'ultimo sangue per il controllo del cuore di Napoli, una guerra fatta di rappresaglie, inganni e sotterfugi, dove gli alleati di ieri diventano gli avversari di oggi e in cui l'unica regola è l'assenza di regole. E così, ancora una volta, i protagonisti dovranno lottare per non soccombere, usando qualunque mezzo necessario.