La piccola chiesa si trova accanto alla Basilica di Santa Croce in Gerusalemme, annessa alle Mura Aureliane e all'Anfiteatro Castrense.

Nel 1476, papa Sisto IV fece ricostruire l'Oratorio di Santa Maria del Buon Aiuto, che sorgeva in origine tra Santa Croce e San Giovanni. La tradizione racconta che il papa fosse sorpreso da un violento temporale e si rifugiasse proprio a ridosso delle Mura Aureliane, dove venne protetto da un'immagine della Madonna. Proprio lì, fece costruire quella che adesso viene chiamata Cappella della Madonna del Buon Aiuto, dove è ancora custodita l'immagine sacra.