Il nome San Giovanni "della Malva"è un termine storpiato dalla pronuncia dei trasteverini, dall'originale espressione "mica aurea", con il quale nel Medioevo si usava definire quella parte del colle gianicolense che oggi si chiama Montorio. La chiesa si trova infatti ai piedi del clivio che conduce al culmine del suddetto colle. Nel XIV secolo era chiamata San Ioannes ad Ianiculum. Sisto IV la restaurò nel 1475, anno del giubileo.