Questo obelisco, insieme con quelli di Piazza dell'Esquilino e Piazza del Quirinale, non ha i lati decorati. E' ipotizzabile che questi obelischi fossero portati a Roma non finiti direttamente dal luogo di scavo, attribuendo la mancanza di decorazione o di iscrizioni ad una prematura morte del faraone che li aveva commissionati. La rilevanza dell'obelisco Vaticano è data soprattutto dall'importanza dello scenario che lo circonda. E' di granito rosso ed è alto oltre 25 metri.

In origine doveva raggiungere i 45 metri, ma forse si ruppe durante l'erezione, su ordine di Augusto, nel Foro Giulio di Alessandria. Nel 37 d.C. l'imperatore Caligola ne ordinò il trasferimento a Roma, dove fu eretto nel Circo Vaticano o di Caligola e Nerone. Secondo la tradizione, in questo luogo furono martirizzati numerosi cristiani tra cui lo stesso San Pietro. Il fatto che, al contrario degli altri, questo obelisco si sia sempre conservato in piedi, è attribuito appunto all'importanza che esso rivestiva per il popolo che lo considerava testimone di tali luttuosi eventi. Ed è certo poi che, data la sua vicinanza agli edifici circostanti, se fosse stato abbattuto, avrebbe rischiato di schiantarsi su di essi.

Dal luogo della prima collocazione romana fu spostato a seguito dei vicini lavori per l'edificazione della Basilica di San Pietro. Dopo vari progetti non eseguiti, il trasporto al centro della Piazza San Pietro fu attuato grazie alla ferma volontà di papa Sisto V, che affidò direttamente a Domenico Fontana (1543-1607) il grandioso progetto. Nell'occasione fu esaminato anche il contenuto del globo al culmine (oggi conservato nei Musei Capitolini) che si credeva contenesse le ceneri di Cesare, ma non vi fu trovato null'altro che polvere. Esiste un gran numero di incisioni coeve che illustrano, come in un moderno reportage, le fasi del macchinoso trasporto.

La ricollocazione nella Piazza, che avvenne senza alcun incidente ed in tempi assai brevi, fu seguita con ansia da tutta la popolazione che l'ultimo giorno portò in trionfo Domenico Fontana. L'obelisco fu eretto "nel tramontar del sole" del 10 settembre 1586.