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Edificata nel 1650 per il Cardinale Girolamo Farnese alla sommità  del Gianicolo, lungo le mura Aureliane, in prossimità  di Porta S.Pancrazio e della Vigna Farnese in cui Paolo III aveva a sua volta posseduto un' abitazione. L'edificio servì come quartier generale di Giuseppe Garibaldi durante l'assedio francese di Roma nel 1849, in occasione dell'esperienza della Repubblica Romana. La villa fu pesantemente danneggiata durante l'assalto e successivamente restaurata.

Successivamente fu acquistata da Clara Jessup Heyland, ereditiera di Filadelfia; alla sua morte, avvenuta nel 1909, come stabilito con lascito testamentario, la villa divenne proprietà  dell'American Academy in Rome.