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L'edificio è già citato in un documento del 1199 come "San Joannes De Ficoccia", a ragione della nobile famiglia romana dei De Ficocciis che abitava in questa zona e un cui membro Abate era titolare della chiesa stessa. Nel 1584 papa Gregorio XIII concesse la chiesa ai Maroniti del Libano, andando a costituire così un unico complesso con l'adiacente ospedale dei Maroniti trasformato in seminario per la formazione del clero destinato a partire in missione in oriente.

Nel Settecento il complesso venne ristrutturato, finché fu dapprima occupato per uso civile dai Repubblicani nel 1798 e poi dai soldati di Napoleone nel 1808. Nel 1846 Pio IX riconsacrò la chiesa, destinando il collegio al seminario polacco-sloveno. Dopo il 1870 tutto il complesso fu nuovamente destinato ad usi civili. Oggi l'edificio è sede di un ristorante.