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Fondato nel 1937 dal prof. Adalberto Pazzini presso l’Istituto di Igiene, fu trasferito nel 1965 nell’attuale sede presso l’Istituto di Storia della Medicina. Vi è documentata l’evoluzione della medicina e della farmacologia dalla preistoria fino al secolo scorso, dagli sciamani a Ippocrate, da Pasteur a Spallanzani.

La collezione, costituita sia da esemplari autentici che da riproduzioni, si è formata con lasciti privati e donazioni, come la Collezione Gorga e la Collezione Pazzini, e con oggettistica proveniente dal Museo Egizio di Torino e dall’Istituto Orientale di Napoli. Tra gli oggetti esposti troviamo una preziosa collezione di vasi medievali da farmacia, vasetti unguentari egizi per la mummificazione, diversi strumenti chirurgici, farmacie portabili, ex-voto e talismani. Ricostruiti anche alcuni ambienti come una farmacia del ‘600 e il laboratorio dell’alchimista.

Alle storiche collezioni originarie sono stati aggiunti centinaia di reperti archeologici concessi dalla soprintendenza, come i reperti antropologici provenienti dalla Necropoli Collatina, tra le più vaste di Roma con 2300 tombe datate dal I al III secolo d. C., che ha restituito scheletri di donne col ginocchio fratturato e con protesi odontoiatriche. Si può ammirare l'incredibile varietà di ex voto imperiali di terracotta, tra I e II secolo d. C., a forma di piede, mano, utero e mammelle a simboleggiare la preghiera agli dei per la fecondità o per il risanamento di un arto dolorante. Fino ai pezzi più misteriosi, ancora al centro di studi e dibattiti scientifici, come gli ex voto a mezze teste femminili.