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Costituito ai primi del ‘900 da Giacomo Boni è alloggiato nel convento di S. Maria Nova. Al pianterreno, sono raccolti i materiali provenienti dalle esplorazioni stratigrafiche e dagli scavi del Foro e quelli scoperti dal Bartoli nei pozzi presso il Tempio di Vesta, consistenti in ossa di animali e suppellettile domestica (IX-VII secolo a.C.). Vi sono esposti anche i corredi funerari rinvenuti nelle tombe, la necropoli arcaica, della quale vengono mostrati un plastico, alcune fotografie e disegni e le ricostruzioni di alcune sepolture. In una sala sono collocate le tombe ad inumazione entro tronchi d’albero appartenenti a bambini e riferibili  alla metà dell'VIII-VII sec. a.C., quando nell’area non venivano più seppelliti gli adulti. Appaiono qui per la prima volta ceramiche greche di importazione. Al primo piano, nei due saloni e nella galleria, sono invece raccolti frammenti architettonici e scultorei, tra cui il fregio della Basilica Emilia con la raffigurazione del mito di Enea e delle origini di Roma. Si segnalano inoltre le sculture provenienti dalla fonte di Giuturna e i ritratti imperiali. Nel chiostro infine è esposta una piccola raccolta di epigrafi.